问题描述

环境：在 Debian 系统上安装的 R 和 RStudio Server，系统环境为 R 4.4.1、Bioconductor 3.20。

通过 .Rprofile 指定了清华源：

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

安装之后几天安装了一大堆依赖，环境都正常，就没去管它。过了将近半年（2025年5月5日），需要安装一个包时发现无法安装，提示如下错误：

'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see
'help("repositories", package = "BiocManager")' for details.
Replacement repositories:
    CRAN: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

Warning message:
“无法在貯藏處https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/bioc/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/bioc/src/contrib/PACKAGES'”
Warning message:
“无法在貯藏處https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/data/annotation/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/data/annotation/src/contrib/PACKAGES'”
Warning message:
“无法在貯藏處https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/data/experiment/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/data/experiment/src/contrib/PACKAGES'”
Warning message:
“无法在貯藏處https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/workflows/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/workflows/src/contrib/PACKAGES'”
Bioconductor version 3.20 (BiocManager 1.30.25), R 4.4.1 (2024-06-14)

Warning message:
package ‘multiMiR’ is not available for this version of R
Warning message:
“无法在貯藏處https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/bioc/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/bioc/src/contrib/PACKAGES'”
Warning message:
“无法在貯藏處https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/data/annotation/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/data/annotation/src/contrib/PACKAGES'”
Warning message:
“无法在貯藏處https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/data/experiment/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/data/experiment/src/contrib/PACKAGES'”
Warning message:
“无法在貯藏處https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/workflows/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.20/workflows/src/contrib/PACKAGES'”

检查网络都是正常的，但是这些链接通过浏览器打开也是 404 无法访问。

原因分析

根据网上搜索结果得知：

您好，根据 Bioconductor 的安排，在 5 月 15 日，3.18 及此前版本的相关数据已经被归档，并从其同步来源中被移除。为节约镜像站磁盘空间，我们也相应移除了这些文件。该操作是不可逆的，我们无法重新找回在归档中的文件。
—— 希望保留 Bioconductor 源的历史版本

另外可以参考：

R 更换西湖大学源

结论： 镜像站只保留最新版本的 Bioconductor 包，当前已更新到 3.21，对应 R 版本为 4.4.2，因此旧版本 3.20 无法正常访问。

解决方案

方案一：升级 R 和 BiocManager

适用于允许更新系统环境的情况：

更新 R 到最新版本（Debian 下）：
```
sudo apt update && sudo apt upgrade r-base
```
升级 BiocManager：
```
install.packages("BiocManager")
```

但由于服务器上有大量依赖，升级可能引发兼容性问题，所以选择 Plan B。

方案二：更换镜像源（推荐）

西湖大学镜像站提供了完整的 R & Bioconductor 历史版本支持，包括 R 4.0 以后的所有版本。

修改方法

设置镜像源为西湖大学：

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

永久生效方式

在用户根目录下创建或修改 .Rprofile 文件：

Windows 路径：C:\Users\<用户名>\.Rprofile
Linux 路径：~/.Rprofile

写入以下内容：

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

重启 R 或 RStudio 后即可正常使用。

旧版本BiocManager使用清华源提示“无法在貯藏處中读写索引"